Para investigar fístula anal, o melhor exame é Ressonância Magnética da Pelve com protocolo para fístula perianal. Esse exame é o padrão-ouro para identificar o Trajeto principal da fístula, o Orifício interno, Orifícios externos, Coleções / abscessos e Relação com esfíncteres e músculos do assoalho pélvico. 

Deverá ser usado contraste venoso, para distinguir tecido inflamado/fibrose, abscessos e trajetos ativos. 

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